Při pokojové teplotě se pentaerytritol typicky jeví jako bílý krystalický prášek; je vysoce stabilní a za normálních podmínek snadno nepodléhá významným chemickým změnám. Měl by být skladován v suchém, chladném a dobře větraném skladu, mimo dlouhodobé vystavení vysokým teplotám a přímému slunečnímu záření. Protože pentaerythritol je poněkud hygroskopický, nemělo by být skladovací prostředí příliš vlhké; kontakt se vzdušnou vlhkostí by měl být minimalizován, aby se zabránilo shlukování způsobenému vlhkostí, která by mohla ovlivnit následné použití.
Při skladování by se měly používat obaly s dobrými těsnícími vlastnostmi a musí být zachována celistvost obalu. U balených produktů by měly být zvoleny obalové materiály odolné proti vlhkosti; pokud je obal poškozen, měl by být okamžitě vyměněn nebo zapečetěn. Různé šarže by měly být kategorizovány a jasně označeny a produkt by neměl být skladován společně s nekompatibilními chemikáliemi. Sklad musí být udržován v čistotě, aby se zabránilo kontaminaci produktu prachem nebo nečistotami a ohrožení jeho čistoty.
Pentaerythritol se obecně přepravuje v pytlích, sudech nebo jiných obalech vhodných pro pevné prášky, přičemž specifická metoda je určena specifikací produktu a přepravní vzdáleností. Při nakládání a vykládání je třeba dávat pozor, aby nedošlo k poškození obalu nebo nadměrnému uvolňování prachu. Přepravní vozidla nebo kontejnery musí být suché, čisté a odolné proti dešti; během přepravy je třeba se vyvarovat vystavení vodě nebo dlouhodobému slunečnímu záření o vysoké teplotě. Při přepravě na dlouhé vzdálenosti je třeba zkontrolovat těsnění obalu, aby se zabránilo absorpci vlhkosti nebo kontaminaci.
Během skladování a přepravy musí být označování produktů, evidence šarží a řízení zásob v souladu s předpisy pro nakládání s chemikáliemi. Přestože je pentaerytritol za normálních podmínek stabilní, je třeba se vyvarovat kontaktu s nekompatibilními látkami, jako jsou silná oxidační činidla. Provoz by měl dodržovat bezpečnostní list (SDS) konkrétního produktu a pokyny dodavatele pro skladování a přepravu a zároveň dodržovat místní předpisy, aby byla zajištěna kvalita a bezpečnost produktu během celého procesu.